«Флаг муниципального образования Сельцовский городской округ представляет собой полотнище бордового цвета с соотношением сторон 1:1,5. В центре полотнища помещён герб города Сельцо Брянской области».
На голубом фоне, так как город расположен на реке Десне, начертано название города Сельцо.
Изображённая на красном фоне пушка означает подчинённость города Сельцо Брянской области с центром в городе Брянске, основой промышленности которого было оружейное дело.
На зелёном фоне, так как город окружает лес, изображены:
Символ Брянского химического завода, который внёс основной вклад в развитие города: шестерня, означающая промышленность. Внутри шестерни помещён силуэт завода. Реактивный снаряд указывает на профиль завода, выпускавший в годы войны и в послевоенное время этот вид боеприпасов
Ель, означающая, что вокруг города Сельцо преобладает хвойный лес
Росток и голубые волнистые линии на общем фоне, означающие наличие в городе целебного источника минеральной питьевой воды
Верхнюю часть герба от основной отделяют полоски по цветам Российского флага.