Границы района с юга по Транссибу, с востока и запада — русла рек Яи и Томи, с севера — железная дорога Томск — Асино. Вся площадь Томь-Яйского междуречья расположена в пределах Западно-Сибирской равнины в пределах высот 70—274 м.
Горнотаёжные южносибирские. Низкогорные южнотаёжные смешанные пихтово-берёзово-осиновые высокотравные кустарниковые леса на дерново-подзолистых, светло-серых и тёмно-серых почвах.
Лесостепные. Низкогорные берёзовые, осиново-берёзовые кустарниковые остепнённые разнотравные леса в сочетании с разнотравно-луговыми степями и остепнёнными лугами на чернозёмах выщелоченных и обыкновенных.
Степные североазиатские. Дерновинно-злаковые, ковыльно-типчаковые сухие степи в сочетании с берёзовыми (с единичными соснами) колками и редколесьями на чернозёмах обыкновенных
Пойменные.
Долинные берёзово-ивовые изредка с пихтой и елью разнотравно-злаковые с прирусловыми кустарниками часто заболоченные леса на дерново-подзолистых, аллювиально-дерновых и лугово-дерновых почвах.
Долинные берёзовые с единичными соснами, местами сосновые иногда с ивняками и тополевниками разнотравно-злаковые леса иногда заболоченные в сочетании с луговыми степями на аллювиальных луговых и лугово-чернозёмных почвах.
На территории Томь-Яйского междуречья планируется организация государственного природного заказника регионального значения «Ташминская согра»[1] и действует государственный природный заказник «Китатский»[2] (Яйский район Кемеровской области).
Основную рекреационную и туристскую привлекательность Томь-Яйского междуречья составляют красота природного пейзажа, разнообразие рельефа в сочетании с обширными лесными массивами, изобилующими грибами и ягодами, относительно благоприятный климат, наличие рек с живописными берегами, пригодных для развития водного туризма. В настоящее время существующие туристские потоки на территории района сформированы самодеятельным туризмом. Туристы приезжают на железнодорожную станцию Яю и сплавляются по реке Яе на собственных сплавных средствах (плотах, резиновых лодках). Велосипедисты пересекают район Томь-Яйского междуречья с юга на север (и наоборот) по дорогам вдоль реки Яи. Пешеходные туристы имеют избыточный выбор включения культурных и природных достопримечательностей туристского района, что позволяет возвращаться в район несколько раз.
Обширные леса, чередующиеся с цветущими луговыми просторами, открывают возможности для занятия пчеловодством, содержания домашних животных, заготовки даров природы (грибов, ягод, папоротника и черемши) для употребления в домашних хозяйствах населения.
Геологические: Лебедянский карьер (действующий) с остатками кораллов; известковые скалы в местах излияния магмы и действия древних вулканов — в урочищах Камень, Омутное, Баранцево, Сергеево (месторождения строительного камня); гидрогеологические (известковые Таловские чаши, Сухореченские чаши и Берёзовские чаши)
Города: научнообразовательный и культурный центр Сибири — Томск, моногород Анжеро-Судженск и станционный посёлок Яя, являющийся центром Яйского района, лесоперерабатывающий город Асино
Припоселковые кедровники: Богашевский, Плотниковский, Протопоповский, Аркашёвский, Косогоровский, Нижне-Шубинский, Белоусовский, Аксёновский, Петуховский, Лучаново-Ипатовский, Лязгинский, а также смешанные Сафроновский, Бодажковский и Бражкинский лесопарки
Южная черневая пихтово-осиновая и кедровая тайга, особенно видна на спутниковых картах проекта «Викимапия»