АссистентНовый вопросИсторияОбласти знаний
Партнёрские проектыСпецпроектыСтать автором
Сменить язык
О РУВИКИ

Стандарт минимальной информации

Стандарт минимальной информации (англ. Minimum information standard) — наборы руководящих принципов и форматов для представления данных, полученных с помощью определённых высокопроизводительных методов. Их целью является обеспечение возможности лёгкой проверки, анализа и интерпретации данных, созданных этими методами, широкой научной общественностью. В конечном итоге такие стандарты способствуют переходу данных из научных публикаций (неструктурированные данные) в базы данных (структурированные данные) в виде, пригодном для сквозного анализа множества наборов данных. Стандарты минимальной информации разработаны для самых различных типов экспериментов, включая микроматрицы (MIAME), RNA-seq (MINSEQE), метаболомику (MSI) и протеомику (MIAPE)[1].

Стандарты минимальной информации обычно состоят из двух частей. Во-первых, существует перечень требований к представлению — как правило, в виде таблицы или контрольного списка. Во-вторых, существует определённый формат данных. Информация об эксперименте должна быть представлена в соответствующем формате данных для загрузки в специализированную базу данных. В случае MIAME этот формат реализован в виде электронных таблиц (MAGE-TAB). Некоторые профессиональные сообщества, поддерживающие стандарты минимальной информации, также разрабатывают инструменты для помощи исследователям в аннотировании своих данных[1].

MI-стандарты

Конкретные стандарты минимальной информации разрабатываются сообществами узкопрофильных специалистов, специализирующихся на методах экспериментальной биологии. Эти стандарты определяют, какая информация об экспериментах (метаданные) является ключевой и обязательной для публикации вместе с исходными данными, чтобы обеспечить их полноту и воспроизводимость[2].[3] Необходимость стандартизации связана прежде всего с развитием высокопроизводительных экспериментальных методов, генерирующих колоссальные объёмы данных. С 2008 года развитие стандартов минимальной информации для различных методов координировалось в рамках проекта «Стандарт минимальной информации о биомедицинских и биологических исследованиях» (англ. Minimum Information about a Biomedical or Biological Investigation, MIBBI)[4]. В 2025 году проект был закрыт, а его функции координации и поддержки стандартов полностью перешли к платформе FAIRsharing.org.

MIAPPE (Стандарт минимальной информации о фенотипировании растений)

MIAPPE — открытый проект, развиваемый научным сообществом для гармонизации данных о фенотипических исследованиях растений. MIAPPE включает концептуальный контрольный список метаданных, необходимых для полного описания эксперимента. Актуальной является версия 1.2 (2024), поддерживающая форматы ISA-Tools, BrAPI и JSON-LD[5]. Стандарт активно поддерживается международными консорциумами (ELIXIR, EMPHASIS, Bioversity International) и интегрирован в платформы FAIRDOM-SEEK и ENA[6].[7]

MIQE (Стандарт минимальной информации для публикации количественных ПЦР-экспериментов в реальном времени)

Впервые опубликованные в 2009 году, эти рекомендации легли в основу требований ряда научных журналов при подаче данных по количественной ПЦР в реальном времени, однако на практике соблюдаются не всегда[8]. В 2022 году были представлены консолидированные рекомендации для количественной (qPCR) и цифровой ПЦР (dPCR)[9]. В 2025 году вышла редакция MIQE 2.0, которая вводит упрощённый чек-лист для отчётности и расширяет требования к публикации данных[10].

MIAME (Стандарт минимальной информации о микроматричном эксперименте)

Стандарт минимальной информации о микроматричном эксперименте (англ. Minimum Information About a Microarray Experiment, MIAME)[3] определяет набор минимально достаточной информации, необходимой для надёжной интерпретации и, возможно, воспроизведения результатов микроматричного эксперимента, а также способствует распространению данных. Этот стандарт был опубликован в 2001 году обществом FGED, прекратившим свою деятельность в 2021 году[11][12], и стал первым стандартом минимальной информации для высокопроизводительных биологических экспериментов.

MIAME включает ряд расширений для специфических биологических направлений, таких как MIAME-env, MIAME-nut и MIAME-tox, применяемых соответственно к экологической, нутригеномике и токсикогеномике.

MIAME сохраняет самостоятельное значение для экспериментов с использованием микрочипов, не был вытеснен стандартами секвенирования и поддерживается крупнейшими репозиториями транскриптомных данных, такими как Gene Expression Omnibus (GEO) и ArrayExpress[13][14].

MINSEQE (Стандарт минимальной информации о высокопроизводительном секвенировании)

MINSEQE (англ. Minimum Information about a high-throughput SEQuencing Experiment) — стандарт для описания экспериментов по высокопроизводительному секвенированию нуклеотидов (например, RNA-seq и других методов NGS). Он является аналогом стандарта MIAME для эпохи секвенирования. Оба стандарта сосуществуют и совместно поддерживаются крупнейшими репозиториями транскриптомных данных, такими как Gene Expression Omnibus (GEO) и ArrayExpress[15].[16][17][18].

MINI: Электрофизиология

Электрофизиология — область, изучающая электрические свойства биологических клеток и тканей. Обычно электрофизиологические исследования предполагают измерение изменений напряжения или электрического тока, начиная с отдельных ионных каналов и заканчивая целыми тканями. Документ MINI-электрофизиологии — это самостоятельный модуль, часть семейства стандартов MINI для отчётности, созданный на основе экспертизы сообщества и открытый для публичных комментариев. Он содержит перечень сведений, необходимых для описания набора данных при публикации, что облегчает доступ, анализ и интерпретацию данных, а также способствует воспроизводимости экспериментов.

MIARE (Стандарт минимальной информации об эксперименте с РНК-интерференцией)

Стандарт минимальной информации об эксперименте с РНК-интерференцией (MIARE) — это руководство по представлению данных, определяющее минимально необходимую для публикации информацию, позволяющую однозначно интерпретировать и при необходимости воспроизвести результаты РНКи-эксперимента.

MIACA (Стандарт минимальной информации о кле­точных тестах)

Развитие геномики и функциональной геномики позволило проводить крупномасштабный анализ функций генов и белков методами высокопроизводительных клеточных тестов. Клетки в культуре могут быть подвергнуты различным воздействиям, а возникающие эффекты — зарегистрированы и проанализированы. Такие воздействия включают введение различных молекул (например, siРНК, экспрессионных конструкций, малых химических соединений, лигандов рецепторов), а также физико-химические изменения среды. Цель — выявление молекулярных событий и принципов биологических процессов. Стандарт минимальной информации о клеточном тесте (MIACA) и объектная модель CA-OM предназначены для обмена и сопоставления информации из разных методов и интеграции результатов. Оригинальный стандарт MIACA устарел для современных задач и был заменён новым стандартом MIACARM (англ. Minimum Information About a Cellular Assay for Regenerative Medicine), который включает расширенную таксономию типов клеток человека и адаптирован для регенеративной медицины[19].

MIAPE (Стандарт минимальной информации о протеомных экспериментах)

Документы о минимальной информации для протеомных экспериментов описывают, какие сведения должны сопровождать публикацию результатов таких исследований. Основной документ регламентирует общие принципы, на основе которых вырабатываются специфические стандарты для различных этапов масс-спектрометрического протеомного анализа. Актуальный перечень модулей MIAPE включает MIAPE-MS (масс-спектрометрия), MIAPE-MSI (информатика масс-спектрометрии), MIAPE-Quant (количественная масс-спектрометрия), базовые принципы MIAPE Principles и MIMIx (молекулярные взаимодействия). Ряд других модулей, таких как MIAPE-GE (гель-электрофорез), MIAPE-GI (информатика гелей) и другие, признаны устаревшими[20].[21] Требования MIAPE интегрированы с актуальными форматами данных организации HUPO PSI. К ним относятся стандарт mzML, напрямую связанный с MIAPE-MS, а также спецификации mzQC (2024) для контроля качества, mzIdentML 1.3.0 (2024) для идентификации и ProForma 2.1 (2026) для описания протеоформ[21].

MIMIx (Стандарт минимальной информации о молекулярных взаимодействиях)

Этот документ разработан рабочей группой по молекулярным взаимодействиям HUPO-PSI и регламентирует сведения, которые должны сопровождать публикацию результатов экспериментов по изучению молекулярных взаимодействий.

MIAPAR (Стандарт минимальной информации о белковых афинных реагентах)

Стандарт разработан рабочей группой по молекулярным взаимодействиям HUPO-PSI совместно с инициативой по антителам HUPO и европейским консорциумом производителей белковых реагентов. Он нацелен на повышение качества описания веществ, включая антитела, используемых для идентификации белков.

MIABE (Стандарт минимальной информации о биоактивных веществах)

Документ MIABE разработан при участии представителей крупных фармацевтических компаний и академических институтов. Он применяется для стандартизации описания малых молекул — потенциальных лекарств, гербицидов, пестицидов, пищевых добавок, действующих в живых организмах. Стандарт поддерживается программой EMBL-EBI Industry.

MIGS/MIMS (Стандарт минимальной информации о геномных/метагеномных последовательностях)

Данный стандарт разрабатывается Консорциумом геномных стандартов.

MIUViG (Стандарт минимальной информации о некультивируемых вирусных геномах)

MIUViG (Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome) — стандарт, разработанный Консорциумом геномных стандартов (GSC) в 2019 году и входящий в семейство MIxS 5.0. Он требует описания происхождения вируса, качества сборки генома, таксономической классификации и предсказания хозяина[22].[23][24].

MIFlowCyt (Стандарт минимальной информации о проточном цитометрическом эксперименте)

Минимально необходимая информация о проточном цитометрическом эксперименте (MIFlowCyt) определяет критерии регистрации сведений об экспериментальной постановке, образцах, оборудовании и анализе данных[2].[25][26] Он способствует унифицированной аннотации клинических, биологических и технических аспектов проточных цитометрических исследований[2].

MIAPA (Стандарт минимальной информации для филогенетических исследований)

Критерии стандарта минимальной информации о филогенетических анализах впервые были опубликованы в 2006 году[27].

MIRAGE (Стандарт минимальной информации для гликомики)

Проект MIRAGE реализуется и координируется институтом Бейльштейна для стандартизации представления и обработки данных в исследованиях гликомики[28][29]. Проект остаётся активным при поддержке института Бейльштейна. Были выпущены новые и обновлённые модули, включая руководства по жидкостной хроматографии (2019), масс-спектрометрии (2025) и гликан-микрочипам (2025)[30].[31]

MIRIAM (Стандарт минимальных требований к аннотированию моделей)

Минимально необходимая информация для аннотирования моделей (англ. MIRIAM) — свод правил по структурированию и аннотированию количественных моделей биологических систем. Соблюдение стандарта строго обязательно для верифицированных моделей в базе данных BioModels, а сам стандарт интегрирован в инициативу COMBINE[32]. Для разрешения идентификаторов рекомендуется сервис Identifiers.org с использованием форматов CURIE и URL.

MIASE (Стандарт минимальной информации о моделирующем эксперименте)

Стандарт минимальной информации о моделирующем эксперименте (англ. MIASE) нацелен на стандартизацию описания моделирующих экспериментов в системной биологии. Машиночитаемой реализацией правил MIASE является формат SED-ML, который в 2024 году был обновлён до версии Level 1 Version 5[33].[34].

STRENDA (Стандарт отчётности о данных по энзимологии)

Стандарт отчётности о данных по энзимологии (STRENDA) — инициатива, направленная на выработку руководящих принципов по представлению (метаданных) энзимологических экспериментов, с целью повышения качества публикаций по данным энзимологии. Актуальной версией стандартов Level 1A и 1B является версия 1.8 от 2021 года. Стандарты STRENDA включены в инструкции для авторов более чем 60 международными журналами. С 2016 года функционирует специализированная база данных STRENDA DB[35][36].

Примечания

  1. ↑ 1 2 EMBL-EBI Minimum information standards (англ.). Дата обращения: 26 августа 2026. Архивировано 7 мая 2025 года.
  2. ↑ 1 2 3 Lee, Jamie A.; Spidlen, Josef; Boyce, Keith; Cai, Jennifer; Crosbie, Nicholas; Dalphin, Mark; Furlong, Jeff; Gasparetto, Maura; Goldberg, Michael; Goralczyk, Elizabeth M.; Hyun, Bill (1 октября 2008). “MIFlowCyt: Стандарт минимальной информации о проточном цитометрическом эксперименте”. Cytometry Part A. 73 (10): 926—930. DOI:10.1002/cyto.a.20623. PMC 2773297. PMID 18752282.
  3. ↑ 1 2 Brazma, Alvis; Hingamp, Pascal; Quackenbush, John; Sherlock, Gavin; Spellman, Paul; Stoeckert, Chris; Aach, John; Ansorge, Wilhelm; Ball, Catherine A.; Causton, Helen C.; Gaasterland, Terry (30 ноября 2001). “Стандарт минимальной информации о микроматричном эксперименте (MIAME) — к стандартам представления данных микроматричного анализа”. Nature Genetics. 29 (4): 365—371. DOI:10.1038/ng1201-365. PMID 11726920. S2CID 6994467.
  4. ↑ Taylor, Chris F (2008). “Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project”. Nature Biotechnology. 26 (8): 889—896. DOI:10.1038/nbt.1411. PMC 2771753. PMID 18688244.
  5. ↑ MIAPPE Releases. MIAPPE. Дата обращения: 26 августа 2026.
  6. ↑ Plant IS and MIAPPE. FAIRDOM. Дата обращения: 26 августа 2026.
  7. ↑ Plant Phenotyping Data Managment Webinar - MIAPPE. ELIXIR TeSS. Дата обращения: 26 августа 2026.
  8. ↑ Bustin, Stephen; Benes, Vladimir; Garson, Jeremy; Hellermans, Jan; Huggett, Jim; Kubista, Mikael; Mueller, Reinhold; Nolan, Tania; Pffaffl, Michael; Shipley, Gregory; Vandesompele, Jo; Wittwer, Carl (2009). “Руководство MIQE: стандарт минимальной информации для публикации количественных ПЦР-экспериментов в реальном времени”. Clinical Chemistry. 55 (4): 611—622. DOI:10.1373/clinchem.2008.112797. PMID 19246619.
  9. ↑ MIQE qPCR & dPCR 5th Edition. gene-quantification.de (20 февраля 2022). Дата обращения: 26 августа 2026.
  10. ↑ MIQE 2.0 for qPCR. blog.biosearchtech.com. Дата обращения: 26 августа 2026.
  11. ↑ FGED: Functional Genomics Data Society. fged.org. Дата обращения: 26 августа 2026.
  12. ↑ FGED: Functional Genomics Data Society. FAIRsharing. Дата обращения: 26 августа 2026.
  13. ↑ Transcriptomics metadata. FAIR Cookbook. Дата обращения: 26 августа 2026.
  14. ↑ MIAME Compliance. Gene Expression Omnibus (GEO). NCBI. Дата обращения: 26 августа 2026.
  15. ↑ Gene Expression Omnibus (GEO). CASRAI. Дата обращения: 26 августа 2026.
  16. ↑ MINSEQE. FGED. Дата обращения: 26 августа 2026.
  17. ↑ Transcriptomics Metadata. FAIR Cookbook. Дата обращения: 26 августа 2026.
  18. ↑ MIAME/MINSEQE Information. NCBI GEO. Дата обращения: 26 августа 2026.
  19. ↑ MIACARM: Minimum Information About a Cellular Assay for Regenerative Medicine. PubMed Central. NCBI. Дата обращения: 26 августа 2026.
  20. ↑ MIAPE (Minimum Information About a Proteomics Experiment). HUPO Proteomics Standards Initiative. Дата обращения: 26 августа 2026.
  21. ↑ 1 2 HUPO Proteomics Standards Initiative. HUPO Proteomics Standards Initiative. Дата обращения: 26 августа 2026.
  22. ↑ Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG). Nature Biotechnology (2019). Дата обращения: 26 августа 2026.
  23. ↑ GSC Checklists. Genomic Standards Consortium. Дата обращения: 26 августа 2026.
  24. ↑ MIxS 0010012: Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome. Genomic Standards Consortium. Дата обращения: 26 августа 2026.
  25. ↑ MIFlowCyt — FICCS Wiki (20 мая 2007). Дата обращения: 26 августа 2026. Архивировано 20 мая 2007 года.
  26. ↑ MIFlowCyt Standard — ISAC Recommendation — Bioinformatics Standards for Flow Cytometry. flowcyt.sourceforge.net. Дата обращения: 21 апреля 2021. Архивировано 20 июля 2007 года.
  27. ↑ Leebens-Mack, J.; Vision, T.; Brenner, E.; Bowers, J. E.; Cannon, S.; Clement, M. J.; Cunningham, C. W.; Depamphilis, C.; Desalle, R.; Doyle, J. J.; Eisen, J. A.; Gu, X.; Harshman, J.; Jansen, R. K.; Kellogg, E. A.; Koonin, E. V.; Mishler, B. D.; Philippe, H.; Pires, J. C.; Qiu, Y. L.; Rhee, S. Y.; Sjölander, K.; Soltis, D. E.; Soltis, P. S.; Stevenson, D. W.; Wall, K.; Warnow, T.; Zmasek, C. (2006). “Первый шаг к стандарту публикации по филогениям: Стандарт минимальной информации о филогенетическом анализе (MIAPA)”. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 10 (2): 231—237. DOI:10.1089/omi.2006.10.231. PMC 3167193. PMID 16901231.
  28. ↑ Struwe, WB (2016). “Стандарт минимальной информации для гликомического эксперимента (MIRAGE): рекомендации по подготовке образцов”. Glycobiology. 26 (9): 907—910. DOI:10.1093/glycob/cww082. PMC 5045532. PMID 27654115.
  29. ↑ York, WS (2014). “MIRAGE: стандарт минимальной информации для гликомического эксперимента”. Glycobiology. 24 (5): 402—406. DOI:10.1093/glycob/cwu018. PMC 3976285. PMID 24653214.
  30. ↑ MIRAGE: New and Updated Modules. Springer. Дата обращения: 26 августа 2026.
  31. ↑ MIRAGE. Beilstein-Institut. Дата обращения: 26 августа 2026.
  32. ↑ BioModels: content, features, and functionality in 2019. Database (Oxford). Oxford University Press (25 марта 2019). Дата обращения: 26 августа 2026.
  33. ↑ The Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) Level 1 Version 5. PLOS Computational Biology (1 марта 2024). Дата обращения: 26 августа 2026.
  34. ↑ The Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) Level 1 Version 5. Scholars MSSM (1 марта 2024). Дата обращения: 26 августа 2026.
  35. ↑ STRENDA. Beilstein-Institut. Дата обращения: 26 августа 2026.
  36. ↑ STRENDA Guidelines. Beilstein-Institut. Дата обращения: 26 августа 2026.

Ссылки

Категории