Стандарты информационного обмена о биоразнообразии (TDWG)

Стандарты информационного обмена о биоразнообразии или Biodiversity Information Standards (ранее TDWG, англ. Taxonomic Data Working Group) — это стандарты, используемые в биологических науках, где единицей работы выступает биоразнообразие на уровне организации организмов. К наукам, использующим эти стандарты, относятся биологическая систематика, биогеография и синекология (изучение взаимодействия организмов в сообществах). Хотя зачастую они недостаточно признаны, стандарты TDWG применяются во многих популярных программных продуктах для информатики биоразнообразия, охватывающих диапазон от небольших настольных решений до международных сетей данных крупного масштаба. Стандарты обеспечивают единообразие структуры данных и общий словарь, что позволяет агрегировать информацию и делиться ею с минимальными потерями и дублированием данных.

Область применения этих стандартов — информатика биоразнообразия (англ. biodiversity informatics), которая отличается от экоинформатики (англ. ecoinformatics, информатика на уровне организации экосистем) и биоинформатики (англ. bioinformatics, на молекулярном и физиологическом уровнях организации).

Стандарты

Стандарты возникли в 1985 году в области таксономии растений, ранними примерами являются:

  • ITF (англ. International Transfer Format for Botanical Garden Data),
  • HISPID (англ. Herbarium Information Standard and Protocol for Interchange of Data),
  • DELTA (англ. Descriptive Language for Taxonomy),

В 1990-х годах были установлены:

  • стандарт сокращения названий журналов (Bridson и Smith 1991[1]),
  • стандарт авторов научных названий (Brummitt и Powell 1992[2]),
undefined
  • стандартизированная схема географических областей (так называемые «регионы TDWG», 1-е изд. Hollis и Brummitt 1992[3], 2-е изд. Brummitt и др. 2001[4]),
  • ABCD (англ. Access to Biological Collection Data),
  • ABCDEFG (так называемое «расширение для геонаук»),
  • DwC (англ. Darwin Core),
  • TCS (англ. Taxonomic Concept Transfer Schema),
  • SDD (англ. Structured Descriptive Data),
  • DwC-A (англ. Darwin Core Archives),
  • TaxPub (расширение NLM/NCBI Journal Publishing DTD) и схема TaxonX для библиографических ссылок.

Существуют инициативы, созданные в последние годы с целью разработки рабочих платформ, позволяющих использовать потенциал стандартов без необходимости для учёных разбираться в их сложности. Платформа может включать следующие области:[5] таксономическое редактирование; публикацию отредактированных таксономических данных; хранение и обмен данными; коллекции и образцы; описания; полевые работы; литературу и географию. Примеры таких платформ:

  • Scratchpads, например, Solanaceae Source[6]
  • EDIT platform for Cybertaxonomy[5], которая, в отличие от предыдущей, поддерживает альтернативные классификации, «в центре платформы находится CDM (англ. Common Data Model), репозиторий для любого типа данных, которые могут быть созданы таксономами в ходе их работы»[5], примеры использования — Palmweb[7] и Cichorieae Network.
  • Программное обеспечение KE-EMU, коммерческое, используется на страницах Lecythidae
  • Платформа Diversity Workbench, используемая для Melastomataceae

А также приложения для работы с описательными данными:

  • Lucid
  • Xper²
  • DiversityDescriptions

Примечания

Ссылки

Категории