Клуб основан в 1958 году как «Локомотив» Улан-Удэ и заявлен в класс «Б» (уровень первой лиги) чемпионата СССР. С 1958 по 2003 год команда носила статус профессионального клуба, пока в 2003 году профессиональный футбольный клуб «Селенга» не прекратил существование из-за неудовлетворительных результатов и в связи с плохим финансированием.
В сезонах 2004—2007 клуб продолжил выступления на любительском уровне под наименованием «Коммунальник». С 2008 по 2010 годы клуб не заявлялся даже в любительскую лигу в связи с тем, что в Бурятии не было полей, отвечающих требованиям турниров. Клуб заново был возрождён в 2011 году под названием ФК «Селенга». А в апреле 2017 года новый спонсор команды сменил её руководящий состав и название на ФК «Бурятия»[1].
С 1958 по 2007 годы клуб проводил домашние матчи на стадионе им. 25-летия Бурятской АССР вплоть до решения о сносе стадиона и строительстве на его месте Физкультурно-спортивного комплекса (ФСК). Летом 2011 года открывается новый стадион на набережной Селенги, вместимостью 10 000 мест, и ФК «Селенга» заявляется на участие в любительской лиге.
В течение всей своей истории главная команда из Улан-Удэ постоянно меняла своё название. В 2017 году команда получила уже своё седьмое имя — «Бурятия».
На следующий год клуб возродился в качестве любительского под названием ФК «Коммунальник».
В сезоне 2004 года зона «Сибирь» любительского чемпионата России была разделена на группы А (6 команд) и Б (8 команд). Клуб из Улан-Удэ попал в группу А. По итогам группового этапа «Коммунальник» занял 3-е место и 6-ти и прошёл в следующий этап. В финальной группе из 6-ти команд клуб занял также 3-е место.
В сезоне 2005 года «Коммунальник» занял 2-е место из 10-ти команд в зоне «Сибирь» любительского чемпионата России.
В сезоне 2006 года «Коммунальник» занял 5-е место из 10-ти команд в зоне «Сибирь» любительского чемпионата России.
В сезоне 2007 года «Коммунальник» занял 5-е место из 10-ти команд в зоне «Сибирь» любительского чемпионата России.
В трёх сезонах с 2008 по 2010 команда из Бурятии не заявлялась на чемпионат. В 2011 клуб возрождён под именем ФК «Селенга».
В сезоне 2011/2012 года «Селенга» заняла 5-е место из 6-ти команд в первой лиге зоны «Сибирь» любительского чемпионата России.
В сезоне 2012/2013 года «Селенга» заняла 5-е место из 12-ти команд в высшей лиге зоны «Сибирь» любительского чемпионата России.
В сезоне 2013 года «Селенга» заняла 7-е место из 12-ти команд в высшей лиге зоны «Сибирь» любительского чемпионата России.
В сезоне 2014 года «Селенга» заняла 3-е место из 8-ми команд в первой лиге зоны «Сибирь» любительского чемпионата России.
В сезоне 2015 года «Селенга» заняла 4-е место из 7-ми команд в первой лиге зоны «Сибирь» любительского чемпионата России.
В сезоне 2016 года «Селенга» заняла 1-е место из 3-х команд в первой лиге зоны «Сибирь» любительского чемпионата России и вышла в высшую лигу.
В 2017 году клуб сменил название ФК «Селенга» на ФК «Бурятия».
В сезоне 2017 года «Бурятия» заняла 6-е место из 10-ти команд в высшей лиге зоны «Сибирь» любительского чемпионата России. Но по организационно-финансовым причинам вылетела в первую лигу.
В сезоне 2018 года «Бурятия» заняла 1-е место из 3-х команд в первой лиге зоны «Сибирь» любительского чемпионата России и вышла в высшую лигу.
В сезоне 2019 года «Бурятия» заняла 11-е место из 12-ти команд в высшей лиге зоны «Сибирь» любительского чемпионата России.
В сезоне 2020 года в зоне «Сибирь» высшая и первая лига отменены и введены группы «Запад» и «Восток». «Бурятия» в своей группе «Восток» из трёх команд заняла 1-е место. В результате победы в группе «Восток» команда была приглашена на Финал Первенства России III дивизиона, в котором команда заняла 10-е место из 10-ти команд-победителей своих зональных турниров.
В сезоне 2021 года в зоне «Сибирь» лига была разделена на группы «Юго-Запад», «Центр» и «Восток». Для выхода из группы необходимо было занимать 1-3 места. «Бурятия» в своей группе «Восток» из пяти команд заняла 4-е место. В итоге команда играла в утешительном турнире за 10-14-е места, где в итоге заняла 11 место, уступив по разнице мячей 10-е место бийскому «Строителю».
В сезоне 2022 года «Бурятия» заняла 8-е место из 15-ти команд в зоне «Сибирь» любительского чемпионата России.