Монастырь Сакья контролировался аристократическим кланом Кхон, из числа представителей которого выходили иерархи этого направления буддизма. Школа Сакья не требовала обязательного безбрачия у духовных лиц, но существенным ограничением здесь было требование прекратить половую жизнь после рождения наследника. Однако сакьяские иерархи принимали монашеские обеты, что привело к установлению практики передачи сана настоятеля и первоиерарха школы от дяди к племяннику в рамках клана Кхон.
Доктрина школы Сакья восходит к учению индийского махасиддхи Вирупы, провозгласившего принцип «плод — результат», согласно которому цель пути непосредственно реализуется в процессе его прохождения. Огромное значение традиция Сакья придаёт практике йоги промежуточного состояния (бардо). По философским взглядам последователи Сакья придерживаются синтеза умеренной мадхьямаки и йогачары. Центральной для этой школы тантрой является «Хеваджра-тантра».
Несмотря на то, что представители школы Сакья отличались учёностью и были авторами многочисленных сочинений, эта школа прославилась в первую очередь своей политической активностью в плане достаточно успешных попыток объединения Тибета в единое теократическое государство; в этом отношении иерархи Сакья, несомненно, были непосредственными предшественниками гелугпинцев. Сакьясцам практически удалось достичь этой цели, чему прежде всего способствовали их тесные контакты с правителями монгольской империи Юань.
Иногда к ответвлениям Сакья относят школу Джонанг. Но это спорное утверждение, потому что по линии преемственности Джонанг не восходит к основателям традиции Сакья, кроме того последователи Джонанг не считают себя сакьясцами.