Первый дивизион ПФЛ 1999

Команды, которые вступили в Первый дивизион после Второго дивизиона обозначены зелёной стрелкой ()

Команды, которые вступили в Первый дивизион после высшего дивизиона обозначены красной стрелкой ()

Клуб	Город	Стадион	Главный тренер
Амкар	Пермь	КАМАЗ (Набережные Челны) Звезда	Сергей Оборин
Анжи	Махачкала	Динамо	Гаджи Гаджиев
Арсенал	Тула	Арсенал	Евгений Кучеревский (до 12 тура) Владимир Афонский (14-16 туры) Леонид Буряк (17-33 туры) Владимир Афонский (с 34 тура)
Балтика	Калининград	Балтика	Владимир Дергач (до 28 тура) Анатолий Иванов (с 29 тура)
Волгарь-Газпром	Астрахань	Центральный	Энвер Юлгушов
Газовик-Газпром	Ижевск	Центральный	Александр Ивченко
		Динамо
		Знамя (Воткинск)
Динамо	Ставрополь	Динамо	Фёдор Гаглоев (до 32 тура) Сергей Горб (с 33 тура)
Кристалл	Смоленск	Спартак	Александр Игнатенко (до 30 тура) Лев Платонов (с 31 тура)
Лада-Симбирск	Димитровград	Торпедо	Владимир Муханов
Локомотив	Санкт-Петербург	им. Кирова	Гиви Нодия
Локомотив	Чита	Локомотив	Александр Ковалёв
Металлург	Красноярск	Центральный	Иштван Секеч
Металлург	Липецк	Металлург	Станислав Берников (до 24 тура) Сергей Савченков (с 25 тура)
Рубин	Казань	Центральный	Павел Садырин
Сокол	Саратов	Локомотив	Леонид Ткаченко
Спартак	Нальчик	Спартак	Асланбек Ханцев
Спартак-Орехово	Орехово-Зуево	Знамя Труда	Вадим Хныкин
Томь	Томск	Труд	Владимир Юрин (до 17 тура) Владимир Пузанов (с 18 тура)
Торпедо-ЗИЛ	Москва	им. Эдуарда Стрельцова	Борис Игнатьев
Торпедо-Виктория	Нижний Новгород	Локомотив Северный Пионер	Анатолий Нефёдов
Тюмень	Тюмень	Тюмень	Виктор Княжев
Факел	Воронеж	Центральный	Валерий Нененко

М	Команда	И	В	Н	П	Мячи	±	О	Примечания
1	Анжи	42	26	8	8	55 − 20	+35	86	Выход в Высший дивизион 2000
2	Факел	42	26	7	9	65 − 31	+34	85
3	Сокол	42	25	7	10	74 − 39	+35	82
4	Торпедо-ЗИЛ	42	23	13	6	67 − 27	+40	82
5	Балтика	42	22	8	12	60 − 37	+23	74
6	Амкар	42	20	10	12	65 − 49	+16	70
7	Рубин	42	18	12	12	56 − 49	+7	66
8	Газовик-Газпром	42	20	4	18	50 − 47	+3	64
9	Арсенал	42	19	7	16	61 − 51	+10	64
10	Локомотив (Чита)	42	19	5	18	48 − 50	−2	62
11	Кристалл	42	17	7	18	44 − 49	−5	58
12	Томь	42	17	7	18	48 − 54	−6	58
13	Спартак (Нальчик)	42	17	5	20	49 − 61	−12	56
14	Металлург (Красноярск)	42	14	12	16	38 − 43	−5	54
15	Металлург (Липецк)	42	15	8	19	51 − 53	−2	53
16	Локомотив (СПб)	42	14	9	19	35 − 51	−16	51
17	Волгарь-Газпром	42	14	8	20	41 − 49	−8	50
18	Тюмень	42	13	9	20	43 − 59	−16	48	Вылет во Второй дивизион 2000
19	Торпедо-Виктория	42	11	10	21	47 − 67	−20	43
20	Лада-Симбирск	42	12	4	26	37 − 69	−32	40
21	Динамо (Ставрополь)	42	10	9	23	31 − 50	−19	39
22	Спартак-Орехово	42	2	7	33	25 − 85	−60	13

И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки

См. Матчи первого дивизиона ПФЛ 1999