Двенадцать сильнейших сборных континента участвовали в соревнованиях Суперлиги — главного дивизиона турнира. На протяжении 2 дней участники боролись за командные очки в 40 легкоатлетических дисциплинах.
По сравнению с Кубком Европы в регламенте проведения командного чемпионата было сделано несколько изменений. Был упразднён раздельный зачёт у мужчин и женщин, теперь сборные боролись за один трофей. Состав лиг был увеличен: в Суперлигу и Первую лигу вошли по 12 команд, во Вторую лигу — 8 команд, оставшиеся составили Третью лигу. Распределение стран по дивизионам было сделано на основе комбинированного рейтинга мужчин и женщин по итогам Кубка Европы 2008 года.
Нововведения коснулись и правил проведения отдельных видов. Так, в беге на 3000, 5000 метров и 3000 метров с препятствиями были введены три промежуточных финиша. Последний участник на каждом из них снимался с дистанции. Данное правило подверглось серьёзной критике[1][2] и стало причиной нескольких курьёзных случаев. Так, на дистанции 3000 метров у женщин испанка Наталья Родригес была последней на промежуточной отметке за три круга до финиша. Не увидев сигнала судьи о дисквалификации, она продолжила бег и в конечном итоге стала первой. Решением жюри её результат был аннулирован, а победа присуждена Гульнаре Галкиной-Самитовой[3]. Уже на следующем командном чемпионате данное правило было отменено[4].
Другие изменения оказались более жизнеспособны. Так, дисквалификация за любой фальстарт была официально прописана в правилах ИААФ уже через полгода после проведения соревнований в Лейрии (на момент турнира ещё действовало правило, по которому за первый фальстарт в забеге всем участникам показывалась жёлтая карточка, но никто не снимался)[5].
В прыжках в высоту и с шестом участникам разрешено было сделать всего три неудачные попытки в сумме, после четвёртой они заканчивали выступление.
В горизонтальных прыжках и метаниях право на четвёртую, финальную попытку, получали только четыре лучших спортсмена по итогам первых трёх раундов[6].
Первым чемпионом турнира стала сборная Германии, Великобритания и Франция дополнили пьедестал почёта. Изначально на втором месте финишировала Россия, но в последующие годы после ряда допинговых дисквалификаций она опустилась на восьмую строчку. Три худшие команды, Чехия, Португалия и Швеция, выбыли в Первую лигу.
b 30 июня 2014 года Международная ассоциация легкоатлетических федераций в своём ежемесячном информационном письме сообщила о санкциях по отношению к российской бегунье Анне Альминовой. На основании отклонений показателей крови, зафиксированных в биологическом паспорте, спортсменка была дисквалифицирована на 30 месяцев (с 16 декабря 2011 года по 15 мая 2014 года). Кроме того, все её результаты, показанные после 16 февраля 2009 года, были аннулированы, в том числе первое место на командном чемпионате Европы — 2009 на дистанции 1500 метров с результатом 4.07,59[8]. c 3 мая 2017 года Всероссийская федерация лёгкой атлетики сообщила о дисквалификации на два года российской бегуньи Юлии Чермошанской. В её допинг-пробе, взятой на Олимпийских играх 2008 года, были обнаружены туринабол и станозолол. Все выступления спортсменки с 20 августа 2008 года по 19 августа 2010 года были аннулированы, в том числе на командном чемпионате Европы — 2009: первое место сборной России (Евгения Полякова, Наталья Русакова, Юлия Гущина, Юлия Чермошанская) в эстафете 4×100 метров с результатом 43,35[9]. d 21 июня 2017 года Всероссийская федерация лёгкой атлетики объявила о дисквалификации бегуньи Анастасии Капачинской. В её допинг-пробе, взятой на Олимпийских играх 2008 года, был обнаружен дегидрохлорметилтестостерон. Все результаты спортсменки с 17 августа 2008 года были аннулированы, в том числе первое место сборной России (Елена Войнова, Татьяна Фирова, Анастасия Капачинская, Людмила Литвинова) в эстафете 4×400 метров на командном чемпионате Европы — 2009 с результатом 3.25,25[7]. e 5 сентября 2018 года Всероссийская федерация лёгкой атлетики сообщила о дисквалификации на 4 года метательницы копья Марии Абакумовой. После перепроверки её допинг-проб с Олимпийских игр 2008 года и чемпионата мира 2011 года в них был обнаружен запрещённый туринабол. Спортсменка отказалась от апелляции; все её выступления с 21 августа 2008 года по 20 августа 2012 года были аннулированы, в том числе третье место на командном чемпионате Европы — 2009 с результатом 62,01 м[10].
Соревнования в Первой лиге прошли 20—21 июня 2009 года в Бергене, Норвегия. В следующий розыгрыш Суперлиги вышли Белоруссия, Финляндия и Норвегия. Вылетели во Вторую лигу Швейцария и Сербия.
Соревнования во Второй лиге прошли 20—21 июня 2009 года в городе Банска-Бистрица, Словакия. Две лучшие команды турнира, Литва и Ирландия, заслужили право выступать в Первой лиге в следующем розыгрыше командного чемпионата Европы. В Третью лигу вылетели Болгария и Кипр.
Соревнования в Третьей лиге прошли 20—21 июня 2009 года в Сараево, столице Боснии и Герцеговины. Повышения в классе добились команды Израиля и Молдавии.