Жарков, Дмитрий Олегович

В 1993 году окончил факультет естественных наук НГУ (отделение биологии).

В 2002 году стал кандидатом биологических наук, защитив диссертацию на тему «Энзимология ДНК-N-гликозилаз репарации 8-оксогуанина в ДНК»^[5].

В 2008 году стал доктором биологических наук, защитив диссертацию на тему «Структурные и динамические аспекты функционирования ДНК-N-гликозилаз в процессе эксцизионной репарации оснований ДНК»^[6] (научный руководитель обеих диссертаций — Г. А. Невинский).

В 2013—2018 годах — член Совета по науке Министерства образования и науки РФ^[7]. Является членом редколлегии международного журнала «Journal of Biomolecular Structure and Dynamics», научно-технического совета Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий, научного совета РАН по физико-химической биологии, Экспертного совета Российского научного фонда (РНФ) по целевым конкурсам и Объединённого учёного совета СО РАН по биологическим наукам.

Автор около 250 научных работ, индекс Хирша по данным Google Scholar — 39^[8]. Основные научные результаты связаны с механизмами защиты генетической информации от повреждений:

• открыты новые ферменты репарации ДНК, установлены их структуры и механизмы действия;
• развита теория о многоступенчатом механизме дискриминации ферментами конформационно сложных субстратов;
• исследованы молекулярно-патологические процессы при дефектах репарации ДНК.

Научным руководителем Д. О. Жаркова был доктор химических наук, профессор Георгий Александрович Невинский.

Под руководством самого Жаркова защищено 8 кандидатских диссертаций и 30 дипломных работ.

Одна из учениц — Анна Валерьевна Юдкина, защитившая под его руководством кандидатскую диссертацию в 2020 году^[9].

Хобби — интеллектуальные игры. В составе команды «Ксеп» — чемпион мира по спортивной версии «Что? Где? Когда?» (2014) и серебряный призёр чемпионата мира (2013). Чемпион России (2013, 2014), серебряный (2009, в составе команды «Неспроста») и бронзовый (2012) призёр чемпионатов России^[10]. Сертифицированный редактор вопросов «Что? Где? Когда?»^[11].

• Yudkina A.V., Endutkin A.V., Diatlova E.A., Zharkov D.O. (2024) A Non-Canonical Nucleotide from Viral Genomes Interferes with the Oxidative DNA Damage Repair System. DNA Repair, 133, 103605.
• Sakovina L., Vokhtantsev I., Akhmetova E., Vorobyeva M., Vorobjev P., Novopashina D., Zharkov D.O. (2024) Photocleavable Guide crRNAs for a Light-Controllable CRISPR/Cas9 System. Int. J. Mol. Sci., 25, 2123.
• Mechetin G.V., Zharkov D.O. (2023) DNA Damage Response and Repair in Boron Neutron Capture Therapy. Genes, 14, 127.
• Prokhorova D.V., Vokhtantsev I.P., Tolstova P.O., Zhuravlev E.S., Kulishova L.M., Zharkov D.O., Stepanov G.A. (2022) Natural Nucleoside Modifications in Guide RNAs Can Modulate the Activity of the CRISPR-Cas9 System In Vitro. CRISPR J., 5, p. 799—812.
• Петрова Д. В., Пермякова Н. В., Грин И. Р., Жарков Д. О. (2022) Биологические функции 5-гидроксиметилцитозина и пути его ферментативных превращений в геноме млекопитающих. Вавиловский журнал генетики и селекции, 26, p. 341—348.
• Popov A.V., Torgasheva N.A., Mechetin G.V., Zharkov D.O. (2021) Molecular dynamics approach to identification of new OGG1 cancer-associated somatic variants with impaired activity. J. Biol. Chem., 297, 101217.
• Zharkov D.O., Mechetin G.V. (2021) Evolutionary Origins of DNA Repair Pathways: Role of Oxygen Catastrophe in the Emergence of DNA Glycosylases. Cells, 10, 1539.
• Mechetin G.V., Endutkin A.V., Diatlova E.A., Zharkov D.O. (2020) Inhibitors of DNA Glycosylases as Prospective Drugs. Int. J. Mol. Sci., 21, 3118.
• Popov A.V., Torgasheva N.A., Endutkin A.V., Mechetin G.V., Zharkov D.O. (2019) Critical Sites of DNA Backbone Integrity for Damaged Base Removal by Formamidopyrimidine-DNA Glycosylase. Biochemistry, 58, p. 3165-3174.
• Gruber D.R., Toner J.J., Miears H.L., Shernyukov A.V., Kiryutin A.S., Lomzov A.A., Endutkin A.V., Grin I.R., Petrova D.V., Kupryushkin M.S., Yurkovskaya A.V., Johnson E., Okon M., Bagryanskaya E.G., Zharkov D.O., Smirnov S.L. (2018) Oxidative damage to epigenetically methylated sites affects DNA stability, dynamics, and enzymatic demethylation. Nucleic Acids Res., 46, p. 10827-10839.
• Endutkin A.V., Koptelov S.S., Popov A.V., Torgasheva N.A., Lomzov A.A., Tsygankova A.R., Skiba T.V., Afonnikov D.A., Zharkov D.O. (2018) Residue coevolution reveals functionally important intramolecular interactions in formamidopyrimidine-DNA glycosylase. DNA Repair, 69, p. 24-33.
• Yudkina A.V., Dvornikova A.P., Zharkov D.O. (2018) Variable termination sites of DNA polymerases encountering a DNA-protein cross-link. PLoS ONE, 13:e0198480.
• Li H., Endutkin A.V., Bergonzo C., Fu L., Grollman A.P., Zharkov D.O., Simmerling C. (2017) DNA deformation-coupled recognition of 8-oxoguanine: Conformational kinetic gating in human DNA glycosylase. J. Am. Chem. Soc., 139, p. 2682—2692.
• Prorok P., Alili D., Saint-Pierre C., Gasparutto D., Zharkov D.O., Ishchenko A.A., Tudek B., Saparbaev M. (2013) Uracil in duplex DNA is a substrate for the human nucleotide incision repair pathway. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 110, p. E3695-E3703.
• Zharkov D.O., Golan G., Gilboa R., Fernandes A.S., Gerchman S.E., Kycia J.H., Rieger R.A., Grollman A.P., Shoham G. (2002) Structural analysis of an Escherichia coli endonuclease VIII covalent reaction intermediate. EMBO J., 21, p. 789—800.
• Rosenquist T.A., Zharkov D.O., Grollman A.P. (1997) Cloning and characterization of a mammalian 8-oxoguanine DNA glycosylase. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 94, p. 7429-7434.

• Почётная грамота Президиума РАН за вклад в развитие производительных сил Сибири (2007)
• Именная премия администрации Новосибирской области молодым учёным за научные достижения в области фундаментальных и прикладных исследований в номинации «биологические науки» (2009)
• Почётная грамота Новосибирского государственного университета (2014)
• Почётный диплом Российского фонда фундаментальных исследований (2015)
• Памятный знак «За труд на благо города» в честь 125-летия со дня основания г. Новосибирска (2018).