Вероятность рака в плазме

Данный метод основан на ряде усовершенствований персонифицированного профилирования рака с помощью глубокого секвенирования (англ. CAPP-Seq)^[5] для анализа циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA). Техника CLiP интегрирует несколько отличительных геномных признаков интересующего типа рака в рамках машинного обучения для задач детекции. Например, исследования показали, что большинство соматических мутаций в свободной от клеток ДНК (cfDNA) не имеют опухолевого происхождения, а отражают клональный гематопоэз (также известен как CHIP)^[2][6]. Несмотря на то, что CHIP преимущественно затрагивает определённые гены, он сопровождается многочисленными редко повторяющимися мутациями, которые могут выделяться лейкоцитами и обнаруживаться в cfDNA как у пациентов с онкологическими заболеваниями, так и у здоровых взрослых^[2]. Однако истинные опухолевые мутации ctDNA могут быть отличимы от мутаций, возникающих вследствие CHIP. В отличие от опухолевых, такие мутации из лейкоцитов чаще встречаются в более длинных фрагментах cfDNA и не содержат характерных мутационных подписей, например, связанных с курением табака при раке лёгких, которые выявляются в ctDNA опухолевого происхождения. CLiP учитывает эти особенности с помощью иерархических ансамблевых моделей машинного обучения, анализирующих соматические мутации и вариации числа копий, наряду с другими признаками^[2]. В то время как методика CLiP уникальна тем, что использует только мутации и вариации числа копий, она близка к ряду других методов жидкостной биопсии, которые коммерчески развиваются для раннего выявления рака на основе ctDNA и белков (например, CancerSEEK / DETECT-A^[7]), анализу фрагментации cfDNA (например, DELFI)^[8][9], и метилирования ДНК (например, cfMeDIP-Seq^[10], Grail^[11]).

Хотя метод CLiP ещё не был широко внедрён для массового скрининга рака, он продемонстрировал свою способность различать ранние стадии рака лёгкого и группы риска в разнообразных когортных исследованиях, проведённых в США^[12].