Медицинская и ветеринарная бактериология изучают биологию болезнетворных бактерий, методы их выделения и определения, явления иммунитета к ним, разрабатывают специфические средства предупреждения и лечения инфекционных болезней человека и животных.
Аграрная (сельскохозяйственная) бактериология изучает роль бактерий в формировании структуры почвы, её плодородии, в питании растений, переработке сельскохозяйственных продуктов (силосование, квашение, мочка и др.).