Общий смысл работы самосинхронизующегося поточного шифра MOSQUITO аналогичен работе самосинхронизующихся поточных шифров, в которых генерация потока ключей создаётся функцией от битов ключа и одного бита шифротекста, что, по сути, аналогично работе CFB с одним блоком перестановки. Особенности же шифра MOSQUITO заключаются в наличии девятистадийного конвейера, дополняющего условную зависимость регистра сдвига (Conditional Complementing Shift Registers — CCSR[примечание 1]) и функциями перехода между стадиями конвейера особого вида.
В шифре MOSQUITO восемь регистров различной длины, назовём регистр CCSR — , первый регистр — , второй — и так далее до седьмого регистра — . Будем обозначать i-ую позицию регистра j таким образом: . Длины регистров:
CCSR — 128 бит;
— 53 бита;
— 12 бит;
— 3 бита.
Суть работы шифра заключается в вычислении, на каждый такт, битов какого-нибудь из регистров (кроме CCSR) на основе некоторой комбинации битов предыдущего регистра. Регистр CCSR работает как регистр сдвига: элементы регистра сдвигаются, а в нулевую позицию регистра CCSR записывается бит зашифрованного текста (с выхода шифра). Обозначим через правило, по которому вычисляется бит в i-ий позиции в регистре j. Тогда:
, где ;
, где и , если нижний индекс какого-либо элемента из правой части равенства становится больше, чем 53, то этот элемент заменяется на 0;
Стоит отметить, что вычисление битов регистров выполняются с помощью комбинационной логики, а сдвиг, естественно, с помощью регистровой, а это значит, что для предотвращения неправильной работы конвейера, когда биты с регистра не успевают обработаться комбинационной логикой, надо чтобы функция , реализующая вычисления, была относительна простой.
↑смысл такого названия становится понятен из спецификации на шифр MOSQUITO, п 3.3, где рассматривается изменение регистра CCSR с точки зрения теории конечных автоматов, в этой же статье CCSR считается обычным 128-битовым регистром