АссистентНовый вопросИсторияОбласти знаний
Партнёрские проектыСпецпроектыСтать автором
Сменить язык
О РУВИКИ

Mercury (кристаллография)

Mercury — это бесплатное программное обеспечение, разработанное Кембриджским центром кристаллографических данных. Первоначально разработано как инструмент визуализации кристаллической структуры . Mercury предоставляет возможность трехмерной визуализации кристаллической структуры, а также рисовании и анализе кристаллической упаковки и межмолекулярных взаимодействий[1]. Текущая версия Mercury может читать файлы типов «.cif», «.mol», «.mol2», «.pdb», «.res», «.sd» и «.xyz». Mercury имеет собственный формат файла с расширением имени файла «.mryx»[2].

Общие сведения
Mercury (Crystal Structure Visualisation, Exploration and Analysis software)
Автор F. H. Allen
Разработчик Кембриджским центром кристаллографических данных
Операционные системы Windows, Linux 64-bit, MacOS
Первый выпуск 2001; 25 лет назад (2001)
Последняя версия Mercury 4.2.0 (2019; 7 лет назад (2019))
Тестовая версия Mercury 4.2.0
Лицензия Free download software
Сайт ccdc.cam.ac.uk/Community/csd-community/freemercury/

История

Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) разработал и запустил две программы, названные ConQuest и Mercury[3], которые работают под Windows и различными типами Unix, включая Linux. ConQuest как поисковый интерфейс для Cambridge Structural Database (CSD) с кодом Fortran, который выполняет широкий спектр задач, таких как поиск двухмерных и трехмерных подструктур. Программа Mercury представлена как визуализатор кристаллической структуры, обладающий возможностями работы с межмолекулярными контактами. Программа Mercury полностью написана на объектно-ориентированном C++. Для создания графического интерфейса используется библиотека C++ Qt, а для рендеринга трехмерной графики — OpenGL. Основная цель первого поколения Mercury была обеспечить трехмерное изображение кристаллических структур в форматах .MOL2, .PDB, .CIF, .MOL[4]. В первой версии около 2800 пользователей подписались на список обновлений Mercury по электронной почте[5]. Версия Mercury 2.0, выпущенная в 2008 году, содержит дополнительные инструменты для интерпретации и сравнения тенденций упаковки в кристаллических структурах. С 2015 года Mercury предоставляет дополнительные функции для создания 3D-печати[6]. Текущая версия 4.0 Mercury в большей степени усовершенствовала свой визуальный интерфейс по сравнению со своими старыми версиями[2].

Лицензия

Mercury доступен в виде бесплатной загрузки программного обеспечения и полной версии Mercury с более расширенными функциями, доступными с лицензией CSD, расширенные функции отключаются при отсутствии такой лицензии. Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) предоставляет лицензию CSD академическим учреждениям[2].

См. также

Примечания

  1. ↑ Clare F., Macrae (28 February 2006). “Mercury: visualization and analysis of crystal structures” (PDF). Journal of Applied Crystallography. 39. DOI:10.1107/S002188980600731X.
  2. ↑ 1 2 3 Mercury User Guide and Tutorials. ccdc.cam.ac.uk. Дата обращения: 18 апреля 2022. Архивировано 19 апреля 2022 года.
  3. ↑ Allen, Frank H. (2002-05-29). “The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising”. Acta Crystallographica Section B Structural Science. International Union of Crystallography (IUCr). 58 (3): 380—388. DOI:10.1107/s0108768102003890. ISSN 0108-7681.
  4. ↑ Bruno, I. J. “New software for searching the Cambridge Structural Database and visualizing crystal structures”. Acta Crystallographica Section B. B58. DOI:10.1107/S0108768102003324. Архивировано из оригинала 2022-04-23. Дата обращения 2022-04-18. Используется устаревший параметр |deadlink= (справка)
  5. ↑ I. Sovago, C. F. Macrae. “Mercury 4.0: from visualization to analysis, design and prediction” (PDF). Journal of Applied Crystallography. 53. DOI:10.1107/S1600576719014092. Архивировано (PDF) из оригинала 2022-02-03. Дата обращения 2022-04-18. Используется устаревший параметр |deadlink= (справка)
  6. ↑ 3D Printing: Easy as 1, 2, 3! (англ.). The Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC) (19 августа 2015). Дата обращения: 18 мая 2019. Архивировано 18 мая 2019 года.

Ссылки

Категории