ImageJ
ImageJ — программа для цифровой обработки изображений, выпущенная в общественное достояние, основанная на Sun-Java. Разработана Национальным институтом здравоохранения США (США).[3] ImageJ была спроектирована с открытой архитектурой, предусматривающей возможность расширения с помощью небольших подпрограмм «плагинов Java» и множества записываемых макросов.[4]
Доступны специальные плагины для захвата, анализа и обработки изображений, которые могут быть «стеками», то есть слоями, сложенными в кубическую секцию (состоящими из вокселов данных с 8, 16 или 32 битами, имеющими трёхмерные топографические координаты), хранящимися как один файл, которые затем могут быть выделены (ROI), преобразованы, перевёрнуты или деформированы по различным критериям.
Общие сведения
| ImageJ | |
|---|---|
| Тип | цифровая обработка изображений |
| Авторы | Уэйн Расбанд (NIH) |
| Написана на | Java[2] |
| Операционная система | GNU/Linux |
| Аппаратная платформа | Java Virtual Machine |
| Последняя версия | 1,54n (17 февраля 2025[1]) |
| Репозиторий | github.com/imagej/ImageJ |
| Лицензия | Общественное достояние |
| Сайт | imagej.nih.gov/ij/index.… |
Характеристики
Редактор плагинов
ImageJ имеет встроенный редактор плагинов и компилятор Java. Многие плагины, написанные пользователями, позволяют решать множество задач обработки и анализа изображений — от визуализации живых трёхмерных клеток,[5] обработки изображений в радиологии,[6] сравнения данных различных систем визуализации[7] до автоматизированных систем для гематологии.[8]
Плагин-архитектура ImageJ и встроенная среда разработки сделали её очень популярной платформой для обучения обработке изображений.[9][10]
ImageJ может запускаться как апплет онлайн, как приложение, загружаемое из сети, либо на любом компьютере (Mac, Linux, Windows) с установленной виртуальной машиной Java 1.4 или более поздней версии. Загружаемые версии доступны для Microsoft Windows, Mac OS, macOS, Linux и для карманного компьютера Sharp Zaurus.
Разработчик проекта Уэйн Расбанд является сотрудником подразделения «Research Services Branch» Национального института психического здоровья (США).
Поддерживаемые форматы изображений
ImageJ может отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать изображения в градациях серого (8 бит, 16 бит и 32 бита) и цветные (8 бит и 24 бита). Поддерживаются многие форматы изображений, включая TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, а также некоторые форматы «raw». ImageJ поддерживает «стеки» изображений — серии наложенных изображений (как пространственно в виде «сечений» трёхмерного объекта, так и временно, как последовательность двух- или трёхмерных изображений, называемых «срезами»), которые отображаются в одном окне, и поддерживает многопоточность, что позволяет выполнять ресурсоёмкие операции параллельно на многопроцессорных системах.
Вычислительные функции и преобразования
ImageJ может вычислять площадь и статистику значений пикселей в пользовательских выделениях и сегментированных объектах по порогам интенсивности. Также возможно измерение расстояний и углов. Программа строит гистограммы плотности и профили линий (между заданными точками). Поддерживаются стандартные функции обработки изображений: логические и арифметические операции между изображениями, регулировка яркости и контраста, свёртка, преобразование Фурье, повышение резкости, сглаживание, распознавание контуров и медианная фильтрация, математическая морфология. Реализованы геометрические преобразования: масштабирование, вращение и отражение. Программа может открывать любое количество изображений одновременно, ограниченное только объёмом доступной оперативной памяти компьютера.
История
До выхода ImageJ в 1997 году существовала NIH Image — аналогичная система анализа изображений, выпущенная как freeware, разработанная для Macintosh и одноимённой операционной системы. Дальнейшая разработка этого кода продолжается под названием Image SXM — вариант, созданный для исследований изображений, полученных с помощью сканирующего электронного микроскопа. Также была разработана версия для Windows, портированная на эту платформу компанией Scion Corporation. Обе версии до сих пор доступны.[11]
Примечания
- ↑ ImageJ Release Notes. imagej.net. Дата обращения: 23 марта 2026.
- ↑ The image_j Open Source Project on Open Hub: Languages Page — 2006.
- ↑ Collins TJ (июль 2007). “ImageJ for microscopy”. BioTechniques. 43 (1 Suppl): 25—30. DOI:10.2144/000112517. PMID 17936939. Используется устаревший параметр
|month=(справка); Проверьте дату в|month=(справка на английском) - ↑ Girish V, Vijayalakshmi A (2004). “Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ”. Indian J Cancer. 41 (1): 47. PMID 15105580.
- ↑ Eliceiri K, Rueden C (2005). “Tools for visualizing multidimensional images from living specimens”. Photochem Photobiol. 81 (5): 1116—22. DOI:10.1562/2004-11-22-IR-377. PMID 15807634.
- ↑ Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J (2005). “Creation of DICOM–aware applications using ImageJ”. J Digit Imaging. 18 (2): 91—9. DOI:10.1007/s10278-004-1879-4. PMID 15827831.
- ↑ Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J (2004). “AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit”. Microsc Res Tech. 64 (2): 176—84. DOI:10.1002/jemt.20067. PMID 15352089.
- ↑ Gering E, Atkinson C (2004). “A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis”. J Parasitol. 90 (4): 879—81. DOI:10.1645/GE-222R. PMID 15357090.
- ↑ Burger W, Burge M. Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java. — Springer, 2007. — ISBN 1-84628-379-5.
- ↑ Dougherty, G. Digital Image Processing for Medical Applications. — Cambridge University Press, 2009. — ISBN 978-0-521-86085-7.
- ↑ NIH File: About. Дата обращения: 18 ноября 2008.
Ссылки
- Fiji (Fiji is Just ImageJ): дистрибутив ImageJ с поддержкой многих языков скриптов (см. Scripting). Fiji ориентирован на регистрацию изображений, сшивку, сегментацию и 3D-визуализацию.
- Домашняя страница плагинов ImageJ
- Проект плагинов ImageJ @ Sourceforge.net
- Набор плагинов OptiNav: аэроакустика, гистограммы в реальном времени, деконволюция.
- Большой набор плагинов от Gabriel Landini
- 3D-плагины Альберта Кардоны.
- Плагины для анализа поверхности от GCSCA
- TrakEM2: плагин для морфологического анализа данных, 3D-моделирования, сшивки, регистрации, редактирования и аннотирования изображений.
- Различные плагины от Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
- Реализация SIFT от Stephan Saalfeld: облегчённая реализация SIFT под GPL, подробнее см. алгоритм SIFT
- Плагины Biomedical Imaging Group (EPFL)
- Домашняя страница National Institute of Health Image (архивировано 3 января 2013)
- Загрузка Scion Image (архивировано 20 апреля 2009)