Список населённых пунктов Холмогорского района
*Административные центры указаны жирным шрифтом
- Белогорское сельское поселение
- Двинское сельское поселение
- Емецкое сельское поселение
- Аксеновы
- Антониево-Сийский монастырь
- Белая Гора
- Болото
- Большая Гора
- Бросачиха
- Ваймужский
- Великий Двор
- Верхнее Заполье
- Верхняя
- Волость
- Высокое
- Гора
- Горончарово
- Донковы
- Емецк
- Ждановы
- Залебедка
- Заполье
- Заполье
- Заполье
- Заручевье
- Заручей
- Золотка
- Калажма
- Клубочиха
- Кожгора
- Короли
- Красный Яр
- Кузнецово
- Кулига
- Кульмино Большое
- Кульмино Малое
- Кязьмеш
- Лохта
- Лысица
- Малая Гора
- Мыза
- Нижнее Заполье
- Нижний Конец
- Нижняя
- Нифериха
- Новинные
- Осерёдок
- Осерёдок (село Ваймуга)
- Осерёдок (село Прилуки)
- Офролиха
- Погост
- Подгор
- Подсосанье
- Прилук
- Рехачевы
- Слободка
- Старая Мельница
- Сухарево
- Такшеево
- Толокново
- Узиково
- Усолье
- Усть-Емца
- Хвосты Старые
- Чупровщина
- Шильцово
- Зачачьевское сельское поселение
- Беличи
- Бельково
- Большое Село
- Бор-Больница
- Бызовы
- Верхняя Горка
- Волость
- Гора
- Горка-Рудаковская
- Демидовы
- Ендюга
- Заболотье
- Заборье
- Заборье
- Заборье
- Задворье
- Заполье
- Заполье
- Зачачье
- Карчево
- Кашевариха
- Кельи
- Короткие
- Коскошина
- Красный Яр
- Крюк
- Кузнечиха
- Кулига
- Макары
- Малое Село
- Надозеро
- Нижняя Горка
- Низ
- Новая
- Орлово
- Погост
- Погост
- Подлесье
- Подсосанье
- Понизовье
- Почтовое
- Россохи
- Семеновы
- Таратины
- Фатеевы
- Фомины
- Часовня
- Чащевка
- Чухча
- Шидозеро
- Шильцово
- Кехотское сельское поселение
- Койдокурское сельское поселение
- Копачёвское сельское поселение
- Леуновское сельское поселение
- Ломоносовское сельское поселение
- Андрияновская
- Большое Залесье
- Бор
- Боярская
- Бушково
- Вавчуга
- Даниловская
- Демушино
- Жучково
- Залыва
- Заручевье
- Косновская
- Кочерино
- Красное Село
- Ломоносово
- Лубянки
- Лыжино
- Макарово
- Малое Залесье
- Марково
- Митревщина
- Неверово
- Некрасово
- Осина Гора
- Пекишево
- Перхуровская
- Подгорье
- Подсосны
- Почапы
- Разлог
- Строительская
- Сурово
- Татаурово
- Тихновская
- Трехновская
- Луковецкое сельское поселение
- Матигорское сельское поселение
- Ракульское сельское поселение
- Светлозерское сельское поселение
- Селецкое сельское поселение
- Усть-Пинежское сельское поселение
- Ухтостровское сельское поселение
- Хаврогорское сельское поселение
- Басалиха
- Березник
- Болото
- Болото
- Бор
- Борок
- Бутырки
- Бухоровщина
- Бушковы
- Вахново
- Верхний Конец
- Гора
- Горка
- Домачево
- Дорохово
- Ерзовка
- Задняя
- Законокса
- Заозеро
- Заозерье
- Заполье
- Заполье
- Заполье
- Запольице
- Заречье
- Заручевье
- Зуевщина
- Ивановы
- Казаковщина
- Кареньга
- Клишовщина
- Кокарево
- Конокса
- Корзовы
- Кручинины
- Кузнецовы
- Кузнецы
- Кулига
- Куково
- Луташи
- Макары
- Минеши
- Низ
- Никитины
- Оводовы
- Околодок
- Ощепково
- Первомайская
- Перелесок
- Плахино
- Плесо
- Погода
- Погост
- Погост
- Подгор
- Пукшеньга
- Пукшеньга
- Пустыщи
- Рябиха
- Сергеевщина
- Сивозерщина
- Старостины
- Сухие
- Танашовщина
- Тарасица
- Теребиха
- Терентьево
- Устрека
- Фелово
- Часовня
- Часовня
- Челмохотской базы
- Холмогорское сельское поселение