Молодёжная команда «СКА-Карелия» была создана в 2015 году, когда команда ВХЛ «СКА-Карелия» переехала в Санкт-Петербург и была переименована в «СКА-Нева»[1]. Вместо неё ХК СКА совместно с руководством Республики Карелия решили создать молодёжную хоккейную команду на базе существующих хоккейных школ в Кондопоге и Петрозаводске и ориентированную на местных специалистов и воспитанников[2].
В сезоне 2017/2018 не участвовала. Планировалось участие клуба в рамках Молодежной хоккейной лиги по окончании строительства комплекса «Карелия-Арена» в г. Петрозаводске[3]. В 2017 г. в Кондопоге была открыта детская хоккейная школа «СКА-Карелия», участвующая в детских хоккейных соревнованиях Северо-Запада[4]. В сезоне 2019/2020 Кондопогу в НМХЛ представлял «ГУОР-Карелия»[5]. С сезона 2020/21 генеральный директор СКА, генеральный директор академии СКА Андрей Точицкий и директор государственного училища олимпийского резерва в Кондопоге Александр Воронов подписали договор о сотрудничестве, команда училища вошла в систему СКА и получила имя «СКА-ГУОР Карелия»[6][7].
В сезоне 2021—2022 гг. команда заняла второе место в регулярном чемпионате первенства НМХЛ. В сезоне 2022—2023 гг. команда будет выступать в чемпионате Молодёжной хоккейной лиги, и будет вновь носить имя «СКА-Карелия»[8][9].
Главным тренером «СКА-Карелия» был назначен Виктор Беляков, помощником — Александр Богатырев из Петрозаводска (что олицетворяло нацеленность молодёжной команды на местные региональные кадры), а тренером вратарей — Андрей Черноскутов[10]. В дебютном сезоне «СКА-Карелия» набрала 43 очка в 44 играх, заняв 10 место в Западной конференции, что не позволило выйти в плей-офф.