До завоевания Магрибамусульманами в VII веке, в здании будущей мечети была православнаяцерковь. В 678 году Динар Абу Мухаджер обратил церковь в мечеть. Долгое время мечеть носила, в честь своего основателя, имя Динара Абу Мухаджера, но позднее была переименована в честь мусульманского праведника из Орана Сиди Ганема[1].
После завоевания Алжирафранцузами в 1830 году в здании были размещены конюшни кавалерийского подразделения Французской армии — Африканские охотники[2]. В настоящее время в здании проходят реставрационные работы[3].
Мечеть Сиди Ганем считается второй мечетью построенной в Магрибе после Великой мечети Кайруана. Но, по версии Хокину Таутау из Алжирского национального центра доисторических, антропологических и исторических исследований, эта мечеть на самом деле первая из построенных в Магрибе[4].