В октябре 1855 года во время Крымской войны 1853—1856 годов крепость была атакована англо-французским флотом и капитулировала[2]. На территории крепости был высажен десант захватчиков. 15 февраля 1856 года английский фрегат «Агамемнон» встал на рейде к югу от крепости и забрал остатки кинбурнского гарнизона.
В 1857 году крепость была упразднена и больше никогда не восстанавливалась.
Кинбурнская крепость не была чисто военным сооружением. Рядом с укреплениями находился огромный порт, в который часто заходили не только военные, но и торговые суда. В городе был большой рынок и кварталы ремесленников, а также несколько «гостиниц» — караван-сараев.
Ко времени Крымской войны укрепление состояло из главного квадратного форта с угловыми бастионами и круговой батареи. Крепость была обновлена русскими войсками. Досыпаны валы, построены пороховой арсенал и две казармы для солдат.