Графодатский, Александр Сергеевич

В 1974 году окончил Новосибирский государственный университет. После окончания университета начал работать в Институте цитологии и генетики Сибирского Отделения АН СССР, где прошёл путь от лаборанта (до 1976 года) до старшего научного сотрудника (до 1986 года). В 1989 году возглавил лабораторию цитогенетики животных.

С 2009 по 2012 год являлся заведующим лабораторией цитогенетики животных в Институте химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (ИХБФМ СО РАН). В 2011 году, после реорганизации ИХБФМ, перешёл в новосозданный Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН (ИМКБ СО РАН)^[2]. В ИМКБ СО РАН с 2012 года занимал должность заведующего отделом разнообразия и эволюции геномов^[3], в 2012—2017 годах был заместителем директора по научной работе, а с 2017 года — руководителем научного направления института.

В 2019 году избран членом-корреспондентом РАН^[4].

В 1979 году защитил кандидатскую диссертацию «Сравнительная цитогенетика куницеобразных (Carnivora, Mustelidae)» по специальности «Генетика». В 1992 году защитил докторскую диссертацию «Цитогенетические аспекты филогении млекопитающих» по специальности «Генетика». В 2019 году был избран членом-корреспондентом РАН по специальности «физико-химическая биология»^[5].

Сфера научных интересов — сравнительная и эволюционная цитогенетика и геномика млекопитающих^[5]. Под его руководством и при его участии были созданы детальные сравнительные молекулярно-цитогенетические карты хромосом для видов всех основных таксонов млекопитающих, включая вымершие виды, такие как шерстистый мамонт^[5]. Эти исследования позволили выявить консервативные участки геномов и их ключевые перестройки, что способствовало уточнению филогенетических связей между различными группами видов^[5]. В область его научных интересов также входило изучение древней ДНК вымерших животных, в том числе древних лошадей, медведей и собак^[5]. Основные направления исследований включали сравнительный анализ геномов человека, домашних, пушных и исчезающих видов, а также изучение молекулярной организации и эволюции половых и добавочных хромосом.

Активно занимался популяризацией науки. В 2011 году выступил с лекцией «Зачем нужен зоопарк в бочонке» в рамках проекта «Эврика!». В феврале 2014 года прочитал публичную лекцию «Эволюция геномов»^[6], а в январе 2023 года — лекцию «От хромосом к геномам… И обратно» в рамках проекта «Академический час для молодёжи Союзного государства»^[7]. Регулярно выступал в качестве эксперта в научно-популярных СМИ, комментируя исследования геномов ластоногих^[8] и эволюцию жвачных животных^[9].

Научным руководителем и наставником А. С. Графодатского была Севиль Ибрагимовна Раджабли (1932—2002), основатель лаборатории цитогенетики животных в Институте цитологии и генетики СО АН СССР, где Графодатский начал свою научную карьеру^[10]. Под её руководством была создана «Школа профессиональной цитогенетики», которую прошли многие специалисты^[10], а их совместная работа отражена в публикациях, включая атлас «Хромосомы сельскохозяйственных и лабораторных животных» (1988).

А. С. Графодатский создал собственную научную школу, подготовив 3 докторов и 17 кандидатов наук. Под его научным консультированием докторские диссертации защитили:

• Владимир Александрович Трифонов — доктор биологических наук, профессор РАН. Тема диссертации: «Происхождение и эволюция половых хромосом позвоночных» (2019).
• Светлана Анатольевна Романенко — доктор биологических наук. Тема диссертации: «Хромосомная организация и эволюция геномов грызунов (Rodentia, Mammalia)» (2019)^[11].

Среди его учеников — кандидаты наук, ставшие известными учёными. Лауреатами стипендии L’Oréal — ЮНЕСКО «Для женщин в науке» становились С. А. Романенко (2012) и Елена Зиновьевна Алкалаева (2007)^[12]. Под его руководством кандидатские диссертации также защитили Анна Сергеевна Дружкова^[13] и Полина Львовна Перельман (2002)^[14][11].

• Член Организации по изучению генома человека (Human Genome Organisation) с 1995 года.
• Член организационного комитета международного проекта «Genome 10K» с 2009 года.
• Член редакционных коллегий международных научных журналов «Chromosome Research», «BMC Genetics» и «Genes».

• Премия СО АН СССР в области биологии (1986)
• Премия имени А. А. Баева РАН (1995)
• Юбилейная медаль «300 лет Российской академии наук» (2024)

Автор и соавтор более 275 научных работ, в том числе 14 монографий.

• Графодатский АС, Исаенко АА, Терновский ДВ, Раджабли СИ. Конститутивный гетерохроматин и размеры геномов ряда видов куницеобразных (Carnivora, Mustelidae). Генетика 13: 2123—2128, 1977
• Графодатский АС, Раджабли СИ. Хромосомы сельскохозяйственных и лабораторных животных. Атлас. Новосибирск. Наука. 1988
• Graphodatsky AS. Conserved and variable elements of mammalian chromosomes. in: Halnan CRE, ed. Cytogenetics of animals, Oxon, UK: CAB International Press, 1989, pp 95-124
• Yang F., O’Brien PCM, Milne BS, Graphodatsky AS, Solanky N, Trifonov V, Rens W, Sargan D, Ferguson-Smith MA. A complete comparative chromosome map for the dog, red fox and human and its integration with canine genetic maps. Genomics 62: 189—202, 1999
• Graphodatsky AS, Yang F, O’Brien PCM, Perelman P, Milne N, Serdukova N, Kawada S-I, Ferguson-Smith MA. Phylogenetic implications of the 38 putative ancestral chromosome segments for four canid species. Cytogenet Cell Genet 92: 243—247, 2001
• Graphodatsky AS, Yang F, Perelman PL, O’Brien PCM, Serdukova NA, Milne BS, Biltueva LS, Fu B, Vorobieva NV, Kawada S-I, Robinson TJ, Ferguson-Smith MA. Comparative molecular cytogenetic studies in the order Carnivora: mapping chromosomal rearrangements onto the phylogenetic tree. Cytogenet Genome Res 96: 137—145, 2002
• Yang F, Alkalaeva EZ, Perelman PL, Pardini AT, Harrison WR, O’Brien PCM, Fu B, Graphodatsky AS, Ferguson-Smith MA. Reciprocal chromosome painting between human, aardvark and elephant (Superorder Afrotheria) reveals the likely eutherian ancestral karyotype. Proc Natl Acad Sci USA 100: 1062—1066, 2003
• Yang F. Graphodatsky A.S. Integrated comparative genome maps and their implications for karyotype evolution of carnivores. in: Chromosome today, Schmid M and Nanda I, eds. Kluwer Academic Publishers, The Netherlands 14: 215—224, 2004
• Graphodatsky AS, Kukekova AV, Yudkin DV, Trifonov VA, Vorobieva NV, Beklemisheva VR, Perelman PL, Graphodatskaya DA, Trut LN, Yang F., Ferguson-Smith MA, Acland GM, Aguirre GD. The proto-oncogene c-kit maps to canid B-chromosomes. Chromosome Res 13: 113—122, 2005
• Yang F, Graphodatsky AS, Li T, Fu B, Dobigny G, Wang J, Perelman PL, Serdukova NA, Su W, O’Brien PCM, Wang Y, Ferguson-Smith MA, Volobouev V, Nie W. Comparative genome maps of the pangolin, hedgehog, sloth, anteater and human revealed by cross-species chromosome painting: further insight into the ancestral karyotype and genome evolution of eutherian mammals. Chromosome Res 14: 283—296, 2006
• Froenicke L, Graphodatsky A, Muller S, Lyons LA, Robinson TJ, Volleth M, Yang F, Wienberg J. Are molecular cytogenetics and bioinformatics suggesting diverging models of ancestral mammalian genomes? Genome Res 16: 306—310, 2006
• Графодатский АС. Сравнительная хромосомика. Мол Биол 41: 408—422, 2007
• Graphodatsky AS, Perelman PL, Sokolovskaya NV, Beklemisheva VR, Serdukova NA, O’Brien SJ, Ferguson-Smith MA, Yang F. Phylogenomics of the dog and fox family (Canidae, Carnivora) revealed by chromosome painting. Chromosome Res 16: 129—143, 2008
• Graphodatsky AS, Yang F, Dobigny G, Romanenko SA, Biltueva LS, Perelman PL, Beklemisheva VR, Alkalaeva EZ, Serdukova NA, Ferguson-Smith MA, Murphy WJ, Robinson TJ. Tracking genome organization in rodents by ZOO-FISH. Chromosome Res 16: 261—274, 2008
• Kulemzina AI, Trifonov VA, Perelman PL, Rubtsova NV, Volobuev V, Ferguson-Smith MA, Stanyon R, Yang F, Graphodatsky AS. Cross-species chromosome painting in Cetartiodactyla: reconstructing the karyotype evolution in key phylogenetic lineages. Chromosome Res 17: 419—436, 2009
• Genome 10K community of scientists. A proposal to obtain whole genome sequence for 10,000 vertebrate species. J Heredity 100: 659—674, 2009
• Beklemisheva VR, Romanenko SA, Biltueva LS, Trifonov VA, Vorobieva NV, Serdukova NA, Rubtsova NV, Brandler OV, O’Brien PC, Yang F, Stanyon R, Ferguson-Smith MA, Graphodatsky AS. Reconstruction of karyotype evolution in core Glires. I. The genome homology revealed by comparative chromosome painting. Chromosome Res 19: 549—565, 2011
• Graphodatsky AS, Trifonov VA, Stanyon R. The genome diversity and karyotype evolution of mammals. Mol Cytogen 4: 22, 2011
• Romanenko SA, Perelman PL, Trifonov VA, Graphodatsky AS. Chromosomal evolution of Rodentia. Heredity 108: 4-16, 2011
• Stanyon R, Graphodatsky A. (Ed’s) Evolutionary dynamics of mammalian karyotypes. Karger, Basel, Switzerland, 2012, 208 pp
• Nie W, Wang J, Su W, Wang D, Tanomtong A, Perelman PL, Graphodatsky AS, Yang F. Chromosomal rearrangements and karyotype evolution in carnivores revealed by chromosome painting. Heredity 108: 17-27, 2012
• Romanenko SA, Perelman PL, Trifonov VA, Graphodatsky AS. Chromosomal evolution of Rodentia. Heredity 108: 4-16, 2012
• Thalmann O,… , Druzhkova A, Graphodatsky A,… Wayne RK. Complete mitochondrial genomes of ancient canines suggest a European origin of domestic dogs. Science 342: 871—874, 2013
• Trifonov VA, Romanenko SS, Beklemisheva VR, Biltueva LS, Makunin AI, Lemskaya NA, Kulemzina AI, Stanyon R, Graphodatsky AS. Evolutionary plasticity of acipenseriform genomes. Chromosoma 125: 661—668, 2016
• Beklemisheva VR, Perelman PL, Lemskaya NA, Kulemzina AI, Proskuryakova AA, Burkanov VN, Graphodatsky AS. The ancestral carnivore karyotype as substantiated by comparative chromosome painting of three pinnipeds, the walrus, the steller sea lion and the Baikal seal (Pinnipedia, Carnivora). PLoS ONE 11(1): e0147647, 2016
• Druzhkova AS, Makunin AI, Vorobieva NV, Vasiliev SK, Ovodov ND, Shunkov MV, Trifonov VA, Graphodatsky AS. Complete mitochondrial genome of an extinct Equus (Sussemionus) ovodovi specimen from Denisova cave (Altai, Russia). Mitochondrial DNA Part B 2(1): 79-81, 2017
• Proskuryakova AA, Kulemzina AI, Perelman PL, Makunin AI, Larkin DM, Farré M, Kukekova AV, Johnson JL, Lemskaya NA, Beklemisheva VR, Roelke-Parker ME, Bellizzi J, Ryder OA, O’Brien SJ, Graphodatsky AS. X chromosome evolution in Cetartiodactyla. Genes 8(9): 216, 2017
• Romanenko SA, Serdyukova NA, Perelman PL, Pavlova SV, Bulatova NS, Golenishchev FN, Stanyon R, Graphodatsky AS. Intrachromosomal rearrangements in rodents from the perspective of comparative region-specific painting. Genes 8(9): 215, 2017
• Proskuryakova AA, Kulemzina AI, Perelman PL, Serdukova NA, Ryder OA, Graphodatsky AS. The case of X and Y localization of nucleolus organizer regions (NORs) in Tragulus javanicus (Cetartiodactyla, Mammalia). Genes 9(6): 312, 2018
• Makunin AI, Rajičić M, Karamysheva TV, Romanenko SA, Druzhkova AS, Blagojević J, Vujošević M, Rubtsov NB, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Low-pass single-chromosome sequencing of human small supernumerary marker chromosomes (sSMCs) and Apodemus B chromosomes. Chromosoma 127(3): 301—311, 2018
• Makunin AI, Romanenko SA, Beklemisheva VR, Perelman PL, Druzhkova AS, Petrova KO, Prokopov DY, Chernyaeva EN, Johnson JL, Kukekova AV, Yang F, Ferguson-Smith MA, Graphodatsky AS, Trifonov VA. Sequencing of supernumerary chromosomes of red fox and raccoon dog confirms a non-random gene acquisition by B chromosomes. Genes 9(8): 405, 2018
• Kukekova AV,… Serdyukova NA,… Beklemischeva V,… Perelman PL, Graphodatsky AS,… Zhang G. Red fox genome assembly identifies genomic regions associated with tame and aggressive behaviours. Nature Ecol Evol 2: 1479—1491, 2018
• Farré M, Kim J, Proskuryakova AA, Zhang Y, Kulemzina AI, Li Q, Zhou Y, Xiong Y, Johnson JL, Perelman P, Johnson WE, Warren WC, Kukekova AV, Zhang G, O’Brien SJ, Ryder OA, Graphodatsky AS, Ma J, Lewin HA, Larkin DM. Evolution of gene regulation in ruminants differs between evolutionary breakpoint regions and homologous synteny blocks. Genome Res 29(4): 576—589, 2019
• Farré M, Li Q, Darolti I, Zhou Y, Damas J, Proskuryakova AA, Kulemzina AI, Chemnick LG, Kim J, Ryder OA, Ma J, Graphodatsky AS, Zhang G, Larkin DM, Lewin HA. An integrated chromosome-scale genome assembly of the Masai giraffe (Giraffa camelopardalis tippelskirchi). GigaScience 8(8): giz090, 2019
• Atlas of mammalian chromosomes (2nd edition). eds. Graphodatsky AS, Perelman PL, O’Brien SJ. Wiley-Blackwell, USA, 2020, 1008 p
• Romanenko SA, Malikov VG, Mahmoudi A, et al. New data on comparative cytogenetics of the mouse-like hamsters (Calomyscus Thomas, 1905) from Iran and Turkmenistan. Genes 12(7): 964, 2021^[15]
• Proskuryakova AA, Ivanova ES, Perelman PL, et al. Comparative studies of karyotypes in the Cervidae family. Cytogenetics and Genome Research 162(6): 312—322, 2022^[16]
• Romanenko SA, Kliver SF, Serdyukova NA, et al. Integration of fluorescence in situ hybridization and chromosome-length genome assemblies revealed synteny map for guinea pig, naked mole-rat, and human. Scientific Reports 13: 19438, 2023^[16]
• Molodtseva AS, Graphodatsky AS. Review of heterozygosity visualization approaches in the context of conservation research. Ecological genetics, 2024^[17]