Гипобласт не гомологичен энтодерме, так как содержит в себе материал главным образом внезародышевой энтодермы, а энтодерма зародыша образуется в период гаструляции путём включения в состав гипобласта мигрирующих внутрь зародыша клеток эпибласта.
У некоторых животных гипобласт отделён от наружного слоя (эпибласта) специальной полостью — бластоцелем.