Алгоритм Смита — Ватермана
Алгоритм Смита — Ватермана предназначен для получения локального выравнивания последовательностей, то есть для выявления сходных участков двух нуклеотидных или белковых последовательностей. В отличие от алгоритма Нидлмана — Вунша, который осуществляет выравнивание последовательностей по всей длине, алгоритм Смита — Ватермана сравнивает отрезки всех возможных длин и оптимизирует меру сходства по всем отрезкам и всем выравниваниям этих отрезков.
Алгоритм был предложен Т. Ф. Смитом и М. Ватерманом в 1981[1]. Подобно алгоритму Нидлмана — Вунша, алгоритм Смита — Ватермана использует принцип динамического программирования. Он гарантирует нахождение оптимального, относительно используемой им меры оценки качества, локального выравнивания. Эта мера оценки — так называемый вес, или счёт (Score) выравнивания, предусматривающий использование матрицы замен и штрафов за «гэпы» (то есть вставки и делеции).
Примечания
| Меры схожести строк | |
|---|---|
| Поиск подстроки | |
| Палиндромы | |
| Выравнивание последовательностей | |
| Суффиксные структуры | |
| Другое | |
