«Флаг Пыталовского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое на две равные горизонтальные полосы — жёлтую и красную, поверх которых вплотную к древку помещена зелёная полоса с зубчатым краем, габаритный размер полосы — 2/7 длины полотнища».
Флаг разработан на основе герба Пыталовского района, который составлен с учётом местных особенностей: Пыталовский район является приграничном рубежом на северо-западе России, что отражено на флаге специальным приёмом — полосой со стенозубчатым краем. Пограничную символику дополняет сочетание красного и зелёного цветов.
Жёлтая (золотая) полоса — часть исторического герба города Пыталово (в 1938—1945 годах — Абрене), разработанного во время принадлежности города к Латвийской республике.
Жёлтый цвет (золото) в геральдике символизирует постоянство, великодушие, богатство, урожай, жизненную энергию.
Зелёный цвет — природу, надежду, здоровье, сельское хозяйство.
Красный цвет — символ мужества, силы, труда, красоты и жизни.